كشف ملف التحقيق الذي أعده المدعي العام العسكري في أذربيجان، فظائع مجزرة خوجالي التي ارتكبها الأرمن ضد المدنيين الأذربيجانيين في 26 فبراير/ شباط 1992.حسب التحقيقات التي أجرتها الحكومة الأذربيجانية بناءً على آراء الخبراء وشهادات 2000 ناجٍ، فقد قامت القوات الأرمينية بتعذيب الأسرى وحرقهم وهم أحياء، إضافة إلى ذبح الناس، وتقشير رؤوسهم، وقطع آذانهم وجدع أنوفهم وتشويه أعضائهم التناسلية وأيضاً اقتلاع عيونهم إلى جانب القتل الجماعي.أن الأرمن لم يكتفوا باحتلال الأرض فحسب، بل أقدموا على ذبح المدنيين أيضاً.كما يحتوي ملف التحقيق على أسماء ضباط الجيش الأرميني الذين نفذوا مذبحة خوجالي، وكذلك أسماء 38 ضابطًا من أصل أرمني من مرتبات الفوج 366 (مشاة ميكانيكية) التابع للجيش السوفيتي المتمركز في المنطقة في ذلك الوقت.وفي الوقت الذي وجه فيه ملف التحقيق تهم ارتكاب جرائم حرب للضباط المشار إليهم واعتبرهم مسؤولين عن الانتهاكات المذكورة، واظب الأذربيجانيون على المطالبة بتقديم قتلة 613 مدنياً إلى العدالة لمحاكمتهم.كما يتضمن ملف التحقيق وصفًا لطريقة ارتكاب المذبحة التي باتت تشكل وصمة عار يلطخ جبين الإنسانية والتاريخ البشري. مجزرة خوجالي التي تعدّ الحادث الأكثر دموية في تاريخ الصراع بين الدولتين، حين اجتاحت القوات الأرمينية البلدة الصغيرة التي تحمل اسم المجزرة وقتلت أكثر من 600 مدني أذربيجاني.
بعد أشهر من حصار بلدة خوجالي – الواقعة الواقعة غرب إقليم ناغورني قره باغ – بشكل خانق، اجتاح عدد من جنود الجيش الأرمني البلدة ذات الأهمية الاستراتيجيّة في 25 فبراير/شباط 1992، وارتكبوا مجزرة راح ضحيتها 613 مدنياً بينهم 106 نساء و63 طفلاً و70 مسناً.إصابة نحو 487 مدنياً بينهم 76 طفلاً، في حين لا يزال نحو 150 مدنياً من أصل 1275 أسرهم الجيش الأرمني خلال المذبحة في عداد المفقودين.
تعدَُ بلدة خوجالي من أهم البلدات الواقعة في مرتفعات ناغورني قره باغ لثلاثة أسباب رئيسيّة:
السبب الأول: وقوع البلدة على الطريق الرئيسي الذي يربط بينها وبين مدينتي خانكندي وأغدام حيث تأتيها المساعدات العسكرية.
السبب الثاني: رغبة الأرمن في استخدام بلدة خوجالي كقاعدة عسكرية لقصف خانكندي وأغدام.
السبب الثالث: هو أنّ البلدة تمتلك المطار الوحيد الموجود في المنطقة.